Ecology of Iranian Forests

fa جداسازی و شناسایی مولکولی گونه های باسیلوس اندوفیت ریشه درختان کچف در استان های مازندران و سمنان Isolation and Molecular Identification of Endophytic Bacillus from the Roots of Carpinus Orientalis in Mazandarn and Semnan Provinces تخصصي Special پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">چکیده مبسوط مقدمه و هدف: گونه های باسیلوس (Bacillus spp.) اندوفیت به دلیل ویژگی های سودمند زیستی بیشتر از دیگر جنس های باکتریایی در تحقیقات با هدف کنترل زیستی مورد استفاده قرار می گیرند. از آنجایی که حفظ تنوع زیستی و پایداری جنگل هیرکانی از اهمیت ویژه ای در مدیریت این بوم سامانه حیاتی برخوردار است شناسایی و مطالعه باکتری های مفید و حفاظت کننده از گیاهان می تواند در برنامه های محافظت از گونه های گیاهی ارزشمند موجود در آن نقش بسزایی ایفا نماید. این تحقیق با هدف شناسایی جدایه های باسیلوس اندوفیت ریشه درختان کچف (Carpinus orientalis Mill.) و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی آنها در شرایط آزمایشگاهی انجام گرفت. مواد و روش ها: برای جداسازی اندوفیت های باکتریایی، نمونه برداری تصادفی از ریشه درختان کچف ارتفاعات بالابند نوار مرزی استان های مازندران و سمنان (کوه های نواحی جنوبی مازندران و نوار باریک شمال سمنان) در بهار 1397 انجام شد. سوسپانسیون ریشه های ضدعفونی و سپس خرد شده در آب مقطر در محیط کشت Tryptic soy agar کشت شد. نقوش پروتئین های کل سلولی با الکتروفورز در ژل پلیاکریلآمید (Sodium dodecyl sulfate-Polyacrylamide gel electrophoresis)، تعیین ویژگی های فنوتیپی جدایه ها و استفاده از نشانگرهای مولکولی IS50 و BOX و REP به‌منظور گروه بندی جدایه ها و وجود تنوع در آنها مورد بررسی قرار گرفت. یک نماینده از جدایه های هر گروه انتخاب شده و برای شناسایی مولکولی با بکارگیری آغازگرهای عمومی f27 و r1492 قطعه 1500 جفت باز ناحیه S rDNA16 با PCR تکثیر شد. پس از خالص سازی قطعه تکثیر شده برای تعیین ترادف به شرکت Microsynth سوئیس ارسال شد. ترادف های بدست آمده با ترادفهای موجود در بانک ژن NCBI به روش BLASTn مقایسه شد. توانایی جدایه ها در تولید سیانید هیدروژن، هورمون IAA، پروتئاز و بیوفیلم نیز ارزیابی شد. یافته ها: سی جدایه باسیلوس از ریشه های درختان مناطق مختلف در محیط کشت باکتریایی جدا و خالص شدند. بر اساس ویژگی های بیوشیمیایی و مولکولی، جدایه های باسیلوس حداقل در چهار گروه متفاوت قرار گرفتند. مقایسه ترادف ناحیه تکثیر شده از S rDNA16 با ترادف های موجود در ژن بانک NCBI و ترسیم درخت فیلوژنتیکی با الگوریتم Maximum-Likelihood نشان دهنده وجود گونه های Bacillus thuringiensis،B. cereus، B. subtilis و B. velezensis در نمونه ها بود. گونه ی B. thuringiensis به‌عنوان گونه غالب و B. subtilis به‌عنوان گونه ی پرجمعیت شناسایی گردید. هورمون IAA تولیدی جدایه ها بین 5 تا 85 میلی‌گرم در لیتر متغیر بود که بیشترین مقدار آن مربوط به جدایه های گروه B. thuringiensis و کمترین مقدار آن مربوط به جدایه های گروه B. velezensis بود. اکثر جدایه ها توانایی تولید آنزیم های لیپاز، ژلاتیناز، لسیتیناز، پروتئاز و آمیلاز را داشتند. جدایه های B. cereus و B. thuringiensis به مقدار قابل توجهی پروتئاز تولید کردند. بیشترین مقدار بیوفیلم توسط جدایه های گروه B. velezensis تولید شد. نتیجه گیری: توانایی بالقوه و وجود تنوع در ویژگی های سودمند فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی جدایه های باسیلوس اندوفیت ریشه کچف نشان داد که آنها  می توانند به‌عنوان منابع مناس افزاینده رشد گیاهان و کنترل زیستی مورد توجه قرار گیرند. این ویژگی ها در گونه های B. thuringiensis و B. cereus قابل ملاحظه بود. پژوهش حاضر اولین بررسی در زمینه شناسایی و تعیین ویژگی های بیوشیمیایی و سودمند زیستی جدایه های باسیلوس اندوفیت ریشه کچف در ایران میباشد.  </div> <div style="text-align: justify;">Extended Abstract Introduction and Objective: Because of possessing a myriad of biological features useful in the biocontrol area, Bacillus species have been in the forefront of studies in this vast yet expanding area of research. Given the preservation of biodiversity and sustainability of the Hyrcanian ecosystems are of utmost importance ecologically and environmentally proper management of this ecosystem warrants serious attention and care. Studies on the microbiome and identification of the species living as endophytes and commensals are by itself a vast area of research in this regard. The present study was aimed at the identification and preliminary biological characterization of the Bacillus strains living as endophyte in the roots of the oriental hornbeam (Carpinus orientalis) growing in Mazandaran and Semnan provinces. Material and Methods: Samples of oriental hornbeam roots were randomly collected from the mountain site of southern Mazandaran and northern Semnan in the Spring 2018. Root segments were surface-disinfected, washed in sterile distilled water (SDW) and crushed in drops of SDW in sterile mortar and pestle. Isolation of bacteria were done following spreading drops of the suspension on plates of tryptic soy agar (TSA) and 3-4 days incubation at 28˚C. The isolates were characterized phenotypically and their protein profiles were determined by electrophoresis on polyacrylamide gel. Diversity of the isolates were assayed by comparing DNA fragment pattern on agarose gels after their amplification by REP-, BOX- and IS-50 PCR. A representative isolate from each of the four DNA profile groups was selected and a 1500bp fragment of the 16S rDNA of each amplified by PCR and sequenced. The nucleotide sequences were aligned and compared with those of a collection of Bacillus species deposited in GenBank using the BLASTn program. A phylogenetic tree of the isolates was constructed using the Maximum-Likelihood method. The ability of the isolates to produce IAA, hydrogen cyanide, protease and biofilm was evaluated. Results: Thirty Bacillus isolates were recovered from the roots of hornbeam on TSA medium. Based on their phenotypic and molecular characteristics the isolates were differentiated into four groups. Comparison of the nucleotide sequences of their 16S rDNA with the sequences retrieved from GenBank indicated affiliation of the isolates with Bacillus thuringensis, B. cereus, B. subtilis, and B. velezensis among which Bacillus thuringiensis was the most prevalent and B. subtilis the most populated group. All isolates produced indole acetic acid at 5 to 85 mgl- with B. thuringiensis producing the highest and B. velezensis the lowest concentration of the hormone. The majority of isolates were capable of producing lipase, gelatinase, lecithinase, protease, and amylase. Isolates of B. cereus and B. thuringiensis were considerably more proteolytic among all. Producing of biofilm was confined to the isolates of B. velezensis. Conclusion: The possession of and the diversity in the capacity of producing various biologically beneficial biochemical and enzymes and of having other attributes of value in biocontrol, makes the Bacillus spp. understudy as potentially capable bacteria in the promotion of plant growth and in the biological control of pathogens. Isolates of B. thuringiensis and B. cereus appeared to be superior among the four species studies. This is the first report on the identification and partial characterization of the potentially beneficial Bacillus species living as endophyte in the root tissues of oriental hornbeam in Iran. </div> اندوفیت, ایندول استیک اسید, باسیلوس, ترادف, جدایه, کچف Bacillus, Endophyte, IAA, Isolate, Oriental hornbeam, Sequences 99 110 http://ifej.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-721-1&slc_lang=fa&sid=1 Seyed Mohamad Alavi سید محمد علوی sayyedmohammad.alavi@gmail.com 10031947532846008224 10031947532846008224 No Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Iran گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد Heshmat Rahimian حشمت اله رحیمیان rahimian.h@gmail.com 10031947532846008225 10031947532846008225 Yes Department of Plant Protection, Faculty of Crop Sciences, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری saeed Tarighi سعید طریقی starighi@um.ac.ir 10031947532846008226 10031947532846008226 No Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Iran دانشگاه فردوسی مشهد Mohsen Mehrvar محسن مهرور mehrvar@um.ac.ir 10031947532846008227 10031947532846008227 No Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Iran گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد